More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5907 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 305 aa  623  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  62.13 
 
 		 304 aa  363  2e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 310 aa  363  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 310 aa  362  4e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  47.74 
 
 		 300 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 310 aa  252  6e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 300 aa  248  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 326 aa  245  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  45.21 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 323 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 305 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  41.75 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.86 
 
 		 328 aa  222  7e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 299 aa  221  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  41.37 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 315 aa  209  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 314 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  38.49 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 311 aa  198  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 316 aa  192  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1957  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 307 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.707337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 310 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  188  9e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 330 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 330 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 329 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 296 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.49 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 		 294 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.72 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>