More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5716 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 299 aa  603  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  70.13 
 
 		 300 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  69.02 
 
 		 300 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  68.73 
 
 		 300 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  66.1 
 
 		 306 aa  363  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  61.51 
 
 		 326 aa  358  4e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 298 aa  352  4e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 303 aa  301  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 323 aa  296  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  54.83 
 
 		 304 aa  288  7e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 304 aa  288  9e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 304 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 300 aa  269  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 310 aa  267  1e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 310 aa  265  8.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 305 aa  263  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 310 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  45.21 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 310 aa  249  6e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 314 aa  247  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  44.14 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 299 aa  226  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.81 
 
 		 328 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  44.33 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 311 aa  222  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 302 aa  217  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.96 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 329 aa  208  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  42.54 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 317 aa  205  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 330 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 330 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1957  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 307 aa  202  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.707337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 317 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 343 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 317 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 332 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.8 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  39.86 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.12 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 312 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  41.3 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>