More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1038 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  627  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 317 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 316 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 317 aa  255  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 310 aa  242  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  38.83 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.12 
 
 		 328 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  37.63 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.07 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 310 aa  192  4e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 294 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  37.97 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  37.76 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 326 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.9 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 320 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 317 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 317 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>