More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2614 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  661    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  96.88 
 
 		 320 aa  640    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  96.88 
 
 		 320 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 297 aa  568  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  89.83 
 
 		 295 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  89.86 
 
 		 301 aa  560  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  89.83 
 
 		 295 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  89.49 
 
 		 295 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  89.15 
 
 		 295 aa  554  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 296 aa  444  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 296 aa  441  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 295 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 309 aa  411  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 321 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 309 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  34.63 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  34.6 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.45 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  34.26 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 326 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  36.46 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 316 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>