More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3431 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  86.81 
 
 		 296 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 308 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 294 aa  291  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  54.01 
 
 		 316 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 292 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 295 aa  185  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  36.95 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  41.63 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.11 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  38.19 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  38.08 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  39.24 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  35.89 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 288 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 		 287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  34.48 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.74 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.61 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 321 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 321 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>