More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06604 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  607  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 288 aa  374  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  60.42 
 
 		 294 aa  370  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 288 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  60.76 
 
 		 288 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  60.42 
 
 		 288 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  41.46 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 309 aa  178  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 286 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 316 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  36.43 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  35.19 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  32.65 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 300 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  36.64 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  31.19 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  32.53 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  33.1 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 287 aa  139  7.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 301 aa  135  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  35.71 
 
 		 335 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 335 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 318 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  126  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 312 aa  126  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  31.6 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 320 aa  125  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>