More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5641 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  601  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 316 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  54.23 
 
 		 308 aa  306  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  52.26 
 
 		 294 aa  291  6e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 292 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 296 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  37.54 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  37.85 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.2 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  37.72 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  37.15 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.1 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  33.79 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.36 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  148  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  35.31 
 
 		 309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2423  transcriptional regulator, LysR family  57.63 
 
 		 193 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130555  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  36.82 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  34.94 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  40 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>