More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5256 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 292 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 308 aa  302  6.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 296 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  54.01 
 
 		 294 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.93 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  39.59 
 
 		 318 aa  184  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  36.99 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  179  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  37.72 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  39.31 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  38.78 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.06 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.06 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.06 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 294 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 294 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 288 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.55 
 
 		 293 aa  160  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 287 aa  160  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  34.27 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  36.9 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 288 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 296 aa  149  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  34.24 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2423  transcriptional regulator, LysR family  46.89 
 
 		 193 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130555  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>