More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4677 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
312 aa  630  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  89.23 
 
 
312 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  65.32 
 
 
312 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 
295 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 
306 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 
305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
314 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
305 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
294 aa  175  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
303 aa  176  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  37.11 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
294 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 
305 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
290 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.91 
 
 
307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
321 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
302 aa  172  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
321 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
305 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
317 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.44 
 
 
312 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 
294 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 
323 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 
312 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 
306 aa  170  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
297 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
305 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 
306 aa  169  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 
302 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
290 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
290 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
290 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
290 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  37.29 
 
 
304 aa  168  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 
299 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
290 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
305 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
290 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
305 aa  168  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
310 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
311 aa  168  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
305 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  38.05 
 
 
308 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
318 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
293 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
311 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
301 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 
303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
309 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
299 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>