More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3108 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  630  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  64.56 
 
 		 312 aa  384  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.55 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.5 
 
 		 314 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4094  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4272  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  37.25 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1951  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3429  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 290 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  38.38 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.71 
 
 		 312 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 312 aa  169  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.89 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 290 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.19 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 309 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  168  9e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.98 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>