More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_3429 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3429  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4272  LysR family transcriptional regulator  98.99 
 
 
298 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4094  LysR family transcriptional regulator  98.99 
 
 
298 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1951  LysR family transcriptional regulator  97.99 
 
 
298 aa  596  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  96.63 
 
 
297 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  96.63 
 
 
297 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  93.29 
 
 
300 aa  568  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1549  glycine cleavage system transcriptional activator  80.41 
 
 
296 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 
328 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2914  transcriptional regulator, LysR family  48.24 
 
 
296 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0105427  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.11 
 
 
303 aa  189  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
304 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
308 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 
308 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 
307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
307 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
303 aa  178  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
312 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 
303 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 
303 aa  175  8e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.97 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
317 aa  172  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.26 
 
 
306 aa  172  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.26 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.63 
 
 
306 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.53 
 
 
303 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 
310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
305 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
311 aa  162  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  37.28 
 
 
298 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
311 aa  159  7e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
305 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
314 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  35.92 
 
 
302 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
302 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
298 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 
305 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
311 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0579  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 
309 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
294 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 
307 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2086  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
298 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1824  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
298 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.381841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1783  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
298 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1113  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
298 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379059  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0822  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
298 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0350  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
298 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2386  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
296 aa  149  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.455697  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
299 aa  148  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 
287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2639  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  36.67 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 
343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>