More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_14280 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  97.32 
 
 
298 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  56.08 
 
 
310 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  56.95 
 
 
309 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  44.14 
 
 
302 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
302 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.64 
 
 
322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.27 
 
 
322 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.14 
 
 
309 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.81 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.92 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.33 
 
 
329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.33 
 
 
329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.33 
 
 
329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.3 
 
 
328 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.23 
 
 
321 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.23 
 
 
321 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.23 
 
 
321 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.23 
 
 
321 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.23 
 
 
321 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.23 
 
 
321 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.3 
 
 
348 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.23 
 
 
321 aa  215  9e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.99 
 
 
320 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.64 
 
 
328 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.64 
 
 
323 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.36 
 
 
320 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.3 
 
 
320 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.61 
 
 
320 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.45 
 
 
297 aa  208  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
317 aa  185  9e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
306 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
306 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 
314 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
305 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
295 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
295 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
295 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
295 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
301 aa  170  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
310 aa  168  8e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
320 aa  168  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
320 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
300 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
320 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4094  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4272  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
307 aa  166  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
311 aa  166  5e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  35.54 
 
 
299 aa  165  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
297 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
297 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
305 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3429  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1951  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.92 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 
308 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
311 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
306 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
296 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
303 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0793  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
298 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.786364  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
304 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
296 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 
303 aa  161  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 
303 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 
303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
326 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 
303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 
305 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 
305 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 
305 aa  160  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 
303 aa  159  5e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 
306 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
317 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
303 aa  159  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.44 
 
 
305 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.44 
 
 
305 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>