More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2548 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  681    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1951  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 298 aa  384  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  62 
 
 		 300 aa  381  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3429  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4094  LysR family transcriptional regulator  61 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4272  LysR family transcriptional regulator  61 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1549  glycine cleavage system transcriptional activator  62.94 
 
 		 296 aa  353  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2914  transcriptional regulator, LysR family  49.65 
 
 		 296 aa  288  9e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0105427  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.03 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.62 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.62 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.62 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.92 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.66 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.57 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 310 aa  180  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.53 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  36.46 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 312 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 		 293 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 		 293 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 		 293 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.15 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.75 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.35 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.89 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>