More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6772 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
296 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
317 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.37 
 
 
308 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 
304 aa  202  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.32 
 
 
303 aa  203  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.05 
 
 
303 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.42 
 
 
303 aa  201  9e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
305 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 
305 aa  201  9e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
305 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
305 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
305 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
305 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 
305 aa  201  9e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 
305 aa  201  9e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.05 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.05 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
305 aa  200  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.28 
 
 
307 aa  199  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 
303 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 
303 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 
303 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 
303 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.32 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 
303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 
305 aa  195  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
310 aa  195  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  39.73 
 
 
296 aa  188  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 
306 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 
303 aa  186  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 
295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
292 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 
306 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.63 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
296 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
318 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
290 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
295 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
300 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 
314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
305 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
295 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
318 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  37.02 
 
 
296 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 
300 aa  170  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
296 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
287 aa  169  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
296 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
296 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
311 aa  168  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.54 
 
 
309 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.85 
 
 
300 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
301 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
327 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
311 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
302 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  34.9 
 
 
316 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 
294 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 
294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 
294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
305 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 
312 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
305 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 
311 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.94 
 
 
323 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
309 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 
305 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 
294 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.04 
 
 
301 aa  159  6e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
307 aa  159  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
304 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
311 aa  158  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>