More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2456 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
318 aa  639    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
317 aa  205  6e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
303 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 
303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
303 aa  196  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
303 aa  196  6e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 
303 aa  195  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
307 aa  192  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
305 aa  188  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.43 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
317 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.59 
 
 
312 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  38.18 
 
 
308 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 
295 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 
312 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  38.32 
 
 
296 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
308 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
311 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
315 aa  176  7e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
311 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  43.35 
 
 
287 aa  175  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 
304 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
315 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 
310 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  42.8 
 
 
292 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
292 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
313 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 
306 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
309 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
305 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.22 
 
 
314 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.13 
 
 
300 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 
307 aa  169  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 
307 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
300 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
308 aa  168  9e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
306 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
302 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
306 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
301 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
329 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
329 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
329 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  42.05 
 
 
296 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 
305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 
328 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.93 
 
 
300 aa  163  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>