More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2404 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  628  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 
313 aa  511  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 
303 aa  295  8e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 
294 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1848  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 
295 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.848008  hitchhiker  0.00384557 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
304 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
306 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
292 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 
306 aa  202  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  200  3e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
303 aa  199  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 
304 aa  198  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 
308 aa  199  7e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
307 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  195  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
303 aa  195  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  195  7e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 
308 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
307 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 
306 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 
314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
302 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3188  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
304 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 
315 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
318 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 
295 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
311 aa  180  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
317 aa  179  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 
310 aa  179  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
305 aa  179  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2411  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
338 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.119065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
296 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
290 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
290 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 
290 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
290 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
308 aa  175  7e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
290 aa  175  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
311 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
309 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
318 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
311 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
311 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
304 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
304 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4867  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
315 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.470636 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 
348 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 
328 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
311 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
304 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
304 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
304 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
304 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
301 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
300 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 
323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>