More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6456 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  618  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  99.32 
 
 		 292 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 304 aa  329  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2411  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 338 aa  219  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.27 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.94 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.4 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3188  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 315 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.08 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 296 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.81 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.81 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.81 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  37.16 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.81 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.81 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1848  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.848008  hitchhiker  0.00384557 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 320 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>