More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1848 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1848  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.848008  hitchhiker  0.00384557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  77.21 
 
 		 294 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  67.81 
 
 		 303 aa  378  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 313 aa  263  3e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  35.1 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 322 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  36.3 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 322 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2411  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119065 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3188  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4867  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.470636 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>