More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0247 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  588  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  78.4 
 
 		 289 aa  471  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  75.52 
 
 		 291 aa  450  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  66.9 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 290 aa  388  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  68.97 
 
 		 291 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 290 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 290 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  65.52 
 
 		 290 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  65.52 
 
 		 290 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  65.86 
 
 		 290 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  65.86 
 
 		 290 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  65.86 
 
 		 290 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 296 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  41.92 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  42.18 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  39.24 
 
 		 292 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.28 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 302 aa  175  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 		 303 aa  169  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1848  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.848008  hitchhiker  0.00384557 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 300 aa  158  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 317 aa  157  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  34.71 
 
 		 308 aa  148  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 311 aa  145  9e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>