More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2509 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 292 aa  608  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 289 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  39.39 
 
 		 289 aa  211  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 291 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  30.93 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.21 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.34 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.75 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.48 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  28.57 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.74 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.06 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.22 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.27 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.27 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.27 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.62 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.27 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0171  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 326 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.231188 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.07 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.07 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>