More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4969 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  609  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  97.64 
 
 		 297 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  86.2 
 
 		 300 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 290 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 290 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 290 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 290 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 290 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 290 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  73.29 
 
 		 290 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 330 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 305 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 290 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 305 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 330 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 290 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 290 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 290 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 304 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 292 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 291 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 291 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 291 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2489  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161733  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  44.89 
 
 		 319 aa  233  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1967  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 285 aa  231  9e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1082  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4560  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724855  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5085  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0072  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.94 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6807  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5665  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5194  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.27 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4571  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0360104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0116  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5313  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5171  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.849729  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5261  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3305  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  0.0876929 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1883  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2390  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.7509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0209  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 308 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0471708 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1996  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1648  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.470228  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1902  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0183  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0274  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 333 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 308 aa  185  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7043  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.380705  normal  0.294568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6921  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6379  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1449  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>