More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0209 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0209  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0471708 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5313  LysR family transcriptional regulator  88.64 
 
 		 308 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5261  LysR family transcriptional regulator  88.24 
 
 		 308 aa  517  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5171  LysR family transcriptional regulator  87.99 
 
 		 308 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.849729  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  83.93 
 
 		 306 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0072  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  79.34 
 
 		 306 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0116  transcriptional regulator, LysR family  78.03 
 
 		 306 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  70.16 
 
 		 305 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  68.85 
 
 		 326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  66.23 
 
 		 308 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1883  transcriptional regulator, LysR family  50.16 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1996  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 306 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3305  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  0.0876929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2390  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 306 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.7509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6921  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 306 aa  272  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7043  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 306 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.380705  normal  0.294568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1902  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6379  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1449  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 290 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 290 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 330 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 297 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  42.48 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2489  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161733  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 291 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 291 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.46 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5085  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4560  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724855  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6807  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1082  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0274  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 333 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5665  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5194  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4571  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0360104 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0183  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1648  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.470228  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 315 aa  152  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1967  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 285 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.93 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.51 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.97 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.61 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.48 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.51 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.51 
 
 		 303 aa  142  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 		 303 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>