More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B1005 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  627  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.79 
 
 		 314 aa  208  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.41 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.12 
 
 		 303 aa  207  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  205  8e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 311 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 399 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 307 aa  185  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 312 aa  185  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.12 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 285 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  35.19 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 326 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5313  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829444 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 322 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>