More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4575 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  566  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  70.82 
 
 		 288 aa  401  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  70.46 
 
 		 288 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  61.35 
 
 		 290 aa  350  1e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  71.89 
 
 		 301 aa  348  5e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  59.07 
 
 		 292 aa  332  6e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  59.43 
 
 		 292 aa  330  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  61.21 
 
 		 287 aa  331  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  59.51 
 
 		 296 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  58.66 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  59.22 
 
 		 296 aa  326  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  62.19 
 
 		 292 aa  324  8.000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 296 aa  324  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  58.87 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  55.83 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  58.87 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  59.35 
 
 		 296 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 300 aa  319  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  55.83 
 
 		 292 aa  319  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  57.8 
 
 		 296 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  57.8 
 
 		 296 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 291 aa  316  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 291 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 294 aa  302  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 291 aa  293  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  58.75 
 
 		 260 aa  273  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 293 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.65 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.3 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  188  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.32 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  39.65 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>