More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_3693 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  612  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  69.28 
 
 		 294 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 294 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 301 aa  339  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 301 aa  338  9e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2769  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 289 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.02 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 318 aa  193  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.42 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.36 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.36 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 305 aa  183  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2004  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 291 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.4 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 327 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 285 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  39.02 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 317 aa  169  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 292 aa  168  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 313 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>