More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4598 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  95.52 
 
 		 290 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  95.52 
 
 		 290 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  94.48 
 
 		 290 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  93.79 
 
 		 290 aa  552  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  77.59 
 
 		 290 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  77.59 
 
 		 305 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  77.24 
 
 		 330 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  77.59 
 
 		 305 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  77.59 
 
 		 290 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  77.59 
 
 		 330 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  77.24 
 
 		 290 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  77.24 
 
 		 290 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  74.31 
 
 		 300 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 297 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  72.79 
 
 		 297 aa  444  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 304 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 291 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  52.99 
 
 		 291 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 291 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  48.6 
 
 		 292 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  48.51 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2489  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 		 293 aa  239  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161733  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1967  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 285 aa  235  6e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6807  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4560  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 313 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724855  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5665  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 313 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5194  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 313 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4571  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 313 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0360104 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1082  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5085  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1648  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.470228  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 326 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0072  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.91 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0274  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 333 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0116  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 306 aa  208  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0183  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 333 aa  208  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7043  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.380705  normal  0.294568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5261  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5313  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829444 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6379  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1449  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5171  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.849729  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1883  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0209  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0471708 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.82 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3305  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  0.0876929 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1996  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2390  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.7509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6921  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 295 aa  185  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1902  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 315 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>