More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1999 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 312 aa  617  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  97.43 
 
 		 312 aa  598  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 314 aa  248  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  47.37 
 
 		 306 aa  241  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 318 aa  216  5e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.87 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.49 
 
 		 303 aa  199  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 304 aa  199  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 		 303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.86 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.93 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.12 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 327 aa  188  8e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  41.14 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.86 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.86 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.82 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.53 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.86 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.86 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.86 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.5 
 
 		 294 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.38 
 
 		 323 aa  179  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 300 aa  178  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>