More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1774 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  626  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0331  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.580886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  39.09 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  38.39 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 320 aa  162  9e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0322  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.76 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.07 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.87 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  34.77 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.2 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.33 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.35 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.7 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  33.87 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.89 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 318 aa  133  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.09 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 298 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 306 aa  132  9e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  35.22 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.3 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.02 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.92 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>