More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001290 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  100 
 
 		 308 aa  637    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  58.98 
 
 		 302 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2803  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 298 aa  242  7e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.692324  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 303 aa  231  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 341 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1666  gp58  38.67 
 
 		 384 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000292793  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 305 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  38.33 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2716  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 330 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 330 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 330 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 327 aa  178  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  34.02 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 343 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 308 aa  175  7e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.19 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2779  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>