More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3219 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  671    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4750  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 326 aa  335  5e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  37.58 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.02 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 317 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 316 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  33.22 
 
 		 339 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2803  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.692324  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.13 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  36.23 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5755  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.9 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 347 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 295 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 318 aa  126  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  126  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 327 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.54 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.93 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2716  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.16 
 
 		 315 aa  122  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  31.51 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.23 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 326 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.38 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>