More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2531 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 303 aa  613  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2803  transcriptional regulator, LysR family  93.29 
 
 		 298 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.692324  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 299 aa  320  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 303 aa  316  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 305 aa  308  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  48.16 
 
 		 303 aa  288  6e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2716  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1666  gp58  43.96 
 
 		 384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000292793  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  40 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2779  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 341 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 343 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  35.37 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 303 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 292 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 330 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 330 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 330 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.94 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 327 aa  142  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 330 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  33.56 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 325 aa  139  7e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.65 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6145  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.506053  normal  0.493104 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>