More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1259 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
288 aa  590  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 
314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.92 
 
 
306 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.92 
 
 
306 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
306 aa  178  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 
306 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 
305 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 
305 aa  176  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 
305 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.05 
 
 
303 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
299 aa  175  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
327 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
305 aa  172  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0262827 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
303 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
308 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
303 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
309 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 
305 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 
305 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 
305 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 
305 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 
305 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 
308 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
303 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
303 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 
303 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
311 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
324 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  36.08 
 
 
305 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
303 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 
334 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
300 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  39.63 
 
 
326 aa  165  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
302 aa  163  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 
303 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
304 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 
294 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 
303 aa  162  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 
294 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 
303 aa  161  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 
304 aa  161  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
347 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 
303 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 
303 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 
310 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
302 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
322 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.12 
 
 
328 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  38.11 
 
 
302 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  35.15 
 
 
303 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
310 aa  159  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  159  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
308 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
308 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
297 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
299 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
308 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 
298 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
308 aa  158  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
301 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
308 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
302 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
301 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
309 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
304 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 
293 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>