More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00415 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  100 
 
 		 303 aa  627  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  63.51 
 
 		 305 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  57.28 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 303 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 303 aa  362  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 299 aa  335  7.999999999999999e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2716  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 301 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.16 
 
 		 303 aa  288  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1666  gp58  48.3 
 
 		 384 aa  287  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000292793  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2803  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 298 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.692324  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  38.33 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  172  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  34.81 
 
 		 339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 328 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.64 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  36.18 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  158  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 322 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.97 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.97 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.97 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.97 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.97 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2779  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 321 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 321 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>