More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oant_2586 on replicon NC_009667
Organism: Ochrobactrum anthropi ATCC 49188



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
291 aa  592  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  75.86 
 
 
296 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  75.78 
 
 
296 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  73.45 
 
 
291 aa  443  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  70.18 
 
 
292 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  69.69 
 
 
294 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  63.32 
 
 
290 aa  365  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 
292 aa  348  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  60.48 
 
 
300 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 
292 aa  346  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  61.21 
 
 
288 aa  343  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 
296 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  60.7 
 
 
292 aa  339  2.9999999999999998e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  59.11 
 
 
296 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  60.5 
 
 
288 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 
296 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 
296 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 
296 aa  335  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 
296 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 
300 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  57.84 
 
 
294 aa  325  5e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  55.44 
 
 
287 aa  324  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  56.58 
 
 
285 aa  316  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 
291 aa  311  4.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 
295 aa  310  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  61.05 
 
 
301 aa  288  9e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  51.58 
 
 
293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  57.09 
 
 
260 aa  271  7e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.52 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
305 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
303 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 
305 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 
305 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 
305 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 
305 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 
305 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
303 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.22 
 
 
305 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.22 
 
 
305 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
308 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.22 
 
 
305 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 
314 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
307 aa  189  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 
307 aa  188  8e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.87 
 
 
305 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.81 
 
 
308 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
308 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
308 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
309 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  37.72 
 
 
312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
312 aa  183  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
311 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
317 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
305 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.28 
 
 
306 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 
306 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
318 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
295 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 
314 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
301 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
296 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
305 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
327 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.52 
 
 
300 aa  176  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
294 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
314 aa  175  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  38.05 
 
 
304 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>