More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_01945 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
260 aa  519  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  67.84 
 
 
287 aa  352  2.9999999999999997e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 
292 aa  297  1e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  59.13 
 
 
290 aa  294  8e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  60.39 
 
 
288 aa  294  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  60.39 
 
 
288 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  58.75 
 
 
285 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
291 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  53.73 
 
 
292 aa  277  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  53.73 
 
 
292 aa  277  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 
300 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  56.75 
 
 
294 aa  275  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  55.98 
 
 
291 aa  275  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  54.86 
 
 
296 aa  271  7e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  53.44 
 
 
296 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  51.57 
 
 
291 aa  263  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  52.71 
 
 
292 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  50.19 
 
 
294 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  51.76 
 
 
296 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 
296 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  51.38 
 
 
296 aa  256  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 
296 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 
296 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  51.59 
 
 
300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 
296 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  53.17 
 
 
293 aa  250  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  47.88 
 
 
295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  58.1 
 
 
301 aa  229  5e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
305 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
317 aa  161  8.000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.31 
 
 
300 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 
296 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
304 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
294 aa  155  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 
303 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
307 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.84 
 
 
306 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
295 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
310 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  149  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.5 
 
 
303 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  148  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 
312 aa  148  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 
298 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 
303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  37.16 
 
 
312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  146  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.5 
 
 
303 aa  146  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 
303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  35 
 
 
305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.23 
 
 
314 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
308 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.5 
 
 
303 aa  143  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
326 aa  143  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
315 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 
294 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.26 
 
 
312 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 
309 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 
305 aa  142  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 
305 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 
305 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.17 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.22 
 
 
294 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.74 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.92 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.92 
 
 
294 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 
295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  36.68 
 
 
294 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
317 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
309 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
294 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.78 
 
 
307 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
294 aa  138  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 
305 aa  138  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 
305 aa  138  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>