More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0529 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  695    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  77.29 
 
 		 320 aa  508  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  76.64 
 
 		 325 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  72.41 
 
 		 327 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  71.52 
 
 		 330 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  70.57 
 
 		 336 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  70.25 
 
 		 336 aa  457  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  66.87 
 
 		 331 aa  452  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 324 aa  440  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 321 aa  318  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 320 aa  197  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 330 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 307 aa  180  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.6 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  34.21 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 321 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 321 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.64 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.64 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 329 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.64 
 
 		 323 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 329 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 329 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.6 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 293 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 293 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 293 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.25 
 
 		 314 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  159  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 304 aa  159  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  34.43 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 294 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 314 aa  158  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  157  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0995  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 288 aa  156  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 303 aa  156  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 295 aa  156  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>