More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1086 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  642    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  77.29 
 
 		 347 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  75.24 
 
 		 330 aa  479  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  73.5 
 
 		 325 aa  478  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  70.03 
 
 		 327 aa  454  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  71.38 
 
 		 336 aa  451  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 336 aa  451  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  69.58 
 
 		 331 aa  441  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  69.61 
 
 		 324 aa  418  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 321 aa  317  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  41.12 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 320 aa  187  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 330 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 330 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.26 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 330 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  34.54 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 348 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 315 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0995  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 327 aa  162  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.27 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 317 aa  159  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>