More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2092 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  613  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  98.4 
 
 		 313 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  94.48 
 
 		 313 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 313 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 313 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 313 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  88.78 
 
 		 313 aa  544  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  61.46 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  61.13 
 
 		 314 aa  358  6e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 320 aa  325  5e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 333 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 330 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  39.47 
 
 		 311 aa  162  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 336 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 347 aa  152  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.2 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 325 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 330 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.47 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 294 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 312 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 324 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.93 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.09 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.44 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.58 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 318 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.07 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 305 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 307 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>