More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3294 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  637    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  56.96 
 
 		 320 aa  342  4e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 325 aa  341  8e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  53.97 
 
 		 327 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 347 aa  318  9e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 320 aa  317  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  53.16 
 
 		 336 aa  311  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 331 aa  305  5.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 330 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  36.51 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 333 aa  175  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 318 aa  172  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 330 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 330 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 313 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 330 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.67 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.39 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.39 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.39 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.39 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.39 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  34.98 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.68 
 
 		 308 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.7 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 305 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.35 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  36.7 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 321 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 321 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0995  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>