More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5586 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 310 aa  424  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  61.13 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  61.13 
 
 		 314 aa  358  5e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 320 aa  349  4e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 313 aa  315  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 313 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 313 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 313 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 327 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 330 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 330 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 320 aa  165  9e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 331 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 336 aa  159  8e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  31.29 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 308 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  37.59 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  28.96 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.12 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 307 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.4 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6145  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.506053  normal  0.493104 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 313 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.92 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1339  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 305 aa  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 305 aa  137  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 305 aa  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 341 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>