More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3451 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 		 323 aa  676    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  62.26 
 
 		 319 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  58.75 
 
 		 311 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.75 
 
 		 311 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  59.27 
 
 		 315 aa  386  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  58.75 
 
 		 311 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  58.75 
 
 		 311 aa  384  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.42 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.67 
 
 		 307 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.67 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.67 
 
 		 307 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.67 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.33 
 
 		 311 aa  374  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.33 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.82 
 
 		 314 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  51.94 
 
 		 312 aa  338  8e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  49.03 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.7 
 
 		 312 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  43.96 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02610  transcriptional regulator  62.3 
 
 		 123 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02611  transcriptional regulator  53.02 
 
 		 155 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 294 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.09 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.9 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.25 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.99 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.99 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.99 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.65 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  149  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004325  transcriptional regulator LysR family  32.36 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 317 aa  149  9e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.45 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.65 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.65 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.4 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.85 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.3 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>