More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_1716 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 		 312 aa  651    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  51.94 
 
 		 323 aa  338  8e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  51.35 
 
 		 311 aa  315  7e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  49.17 
 
 		 315 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  49.2 
 
 		 314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  49.01 
 
 		 311 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  49.01 
 
 		 311 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 		 311 aa  311  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.68 
 
 		 312 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.68 
 
 		 312 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.68 
 
 		 311 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.68 
 
 		 307 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.68 
 
 		 307 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.68 
 
 		 311 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.23 
 
 		 319 aa  308  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.34 
 
 		 312 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.36 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  43.15 
 
 		 312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  41.38 
 
 		 315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  38.63 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.62 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 317 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.41 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.53 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02610  transcriptional regulator  57.38 
 
 		 123 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.72 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  31.51 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0233  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 318 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.15 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02611  transcriptional regulator  46.05 
 
 		 155 aa  140  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.72 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.35 
 
 		 307 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.8 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.85 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4613  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>