More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4613 on replicon NC_008760
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008760  Pnap_4613  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  650    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  65.18 
 
 		 317 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  64.86 
 
 		 317 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 322 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 313 aa  248  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 313 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 317 aa  210  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1574  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789026  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0385  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1760  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0428  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2858  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.648551  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2982  transcriptional regulator  41.1 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1221  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 315 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.22 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.04 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 		 303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 		 303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.18 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.92 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.92 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.92 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.28 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.64 
 
 		 315 aa  155  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0233  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.17 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004325  transcriptional regulator LysR family  34.31 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 318 aa  152  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  35.25 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.65 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.13 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>