More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0314 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  637    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  55.08 
 
 		 306 aa  339  4e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004325  transcriptional regulator LysR family  53.97 
 
 		 305 aa  332  4e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.54 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.55 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.55 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.55 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.55 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.22 
 
 		 312 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4613  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.07 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  33.89 
 
 		 315 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  33.55 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.55 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  33.55 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  33.89 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  33.77 
 
 		 312 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.07 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  30.23 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  30.54 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  34.16 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2982  transcriptional regulator  35.08 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1574  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789026  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0428  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2858  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.648551  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0385  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1760  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1221  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.51 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 327 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.43 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.47 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  32.87 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 310 aa  132  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.95 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0793  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.786364  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.97 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>