More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3394 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 
309 aa  646    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.88 
 
 
311 aa  342  4e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.88 
 
 
311 aa  341  8e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  54.88 
 
 
311 aa  341  9e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  55.22 
 
 
315 aa  341  9e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  54.88 
 
 
311 aa  341  9e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  54.88 
 
 
311 aa  340  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.52 
 
 
312 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.52 
 
 
312 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.52 
 
 
307 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.52 
 
 
307 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.72 
 
 
311 aa  332  7.000000000000001e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.18 
 
 
312 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  49.03 
 
 
323 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  50.85 
 
 
319 aa  309  4e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.3 
 
 
314 aa  283  4.0000000000000003e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.36 
 
 
312 aa  257  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  39.74 
 
 
312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  39.19 
 
 
315 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
314 aa  162  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 
305 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
308 aa  153  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
306 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
313 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
313 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.21 
 
 
303 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
313 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
305 aa  149  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.21 
 
 
303 aa  148  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.76 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.21 
 
 
303 aa  147  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 
314 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.87 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.54 
 
 
303 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
321 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.87 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.87 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
308 aa  145  9e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
308 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.54 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
304 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.54 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.54 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.54 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
318 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02610  transcriptional regulator  60 
 
 
123 aa  143  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.07 
 
 
307 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.54 
 
 
303 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
315 aa  143  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.62 
 
 
303 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.33 
 
 
303 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.73 
 
 
307 aa  142  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
311 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.31 
 
 
305 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.2 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.2 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.64 
 
 
312 aa  139  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.87 
 
 
303 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
315 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 
306 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
318 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.64 
 
 
302 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 
312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02611  transcriptional regulator  48.67 
 
 
155 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
312 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 
300 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
302 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.21 
 
 
306 aa  135  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  32.81 
 
 
312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
309 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
308 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  29.87 
 
 
306 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
317 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
311 aa  132  9e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.63 
 
 
300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
309 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>