More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3071 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 		 312 aa  643    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  91.56 
 
 		 315 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.7 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  46.31 
 
 		 315 aa  268  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  46.18 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  45.85 
 
 		 311 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  45.85 
 
 		 311 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  45.85 
 
 		 311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.51 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  42.14 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.3 
 
 		 312 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.3 
 
 		 312 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.3 
 
 		 307 aa  255  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.3 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  43.15 
 
 		 312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.97 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  43.09 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  42.71 
 
 		 311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  39.74 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 321 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 296 aa  149  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  32.68 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  32.21 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  33.9 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>