More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2514 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 		 315 aa  656    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  98.7 
 
 		 311 aa  631  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  98.37 
 
 		 311 aa  631  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  98.7 
 
 		 311 aa  631  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  98.37 
 
 		 311 aa  629  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  98.37 
 
 		 311 aa  629  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  91.21 
 
 		 312 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  91.21 
 
 		 307 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  91.21 
 
 		 312 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  91.21 
 
 		 307 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  90.55 
 
 		 312 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  76.95 
 
 		 311 aa  486  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  59.27 
 
 		 323 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.67 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.53 
 
 		 314 aa  368  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  55.22 
 
 		 309 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  49.17 
 
 		 312 aa  314  9.999999999999999e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  46.31 
 
 		 312 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.79 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02610  transcriptional regulator  69.03 
 
 		 123 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 327 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 312 aa  156  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 312 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  32.64 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02611  transcriptional regulator  52.35 
 
 		 155 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  34.25 
 
 		 339 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 292 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  32.43 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.6 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 317 aa  148  9e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.75 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 317 aa  146  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 296 aa  145  9e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.4 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.65 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.33 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004325  transcriptional regulator LysR family  31.41 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.94 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.94 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4445  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>