More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3113 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 		 315 aa  654    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  91.56 
 
 		 312 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  43.96 
 
 		 323 aa  261  8e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  45.79 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.85 
 
 		 311 aa  256  5e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  44.85 
 
 		 311 aa  255  7e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  44.85 
 
 		 311 aa  255  7e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  44.85 
 
 		 311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.52 
 
 		 311 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  40.79 
 
 		 319 aa  248  9e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.78 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.78 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.78 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.78 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  41.38 
 
 		 312 aa  243  3.9999999999999997e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  44.44 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  41.22 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  40.58 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  39.19 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.93 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.56 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  155  8e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 303 aa  153  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 317 aa  152  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.06 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.06 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.06 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.06 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.06 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  32.66 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  32.65 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>