More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4658 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 		 319 aa  661    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  60.13 
 
 		 314 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  62.26 
 
 		 323 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.61 
 
 		 311 aa  381  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  58.61 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  58.61 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  58.61 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.94 
 
 		 312 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.94 
 
 		 312 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.94 
 
 		 307 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.67 
 
 		 315 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.94 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.28 
 
 		 312 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.28 
 
 		 311 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.28 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  50.85 
 
 		 309 aa  309  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.23 
 
 		 312 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  42.14 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  40.79 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02610  transcriptional regulator  74.59 
 
 		 123 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02611  transcriptional regulator  57.72 
 
 		 155 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.92 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  28.95 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 307 aa  159  7e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 299 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 299 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 299 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.58 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  30.43 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.02 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 		 306 aa  155  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.02 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.02 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  32.43 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 308 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>