More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0361 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  100 
 
 		 314 aa  655    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  60.13 
 
 		 319 aa  419  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  58.72 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  58.72 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.82 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  58.72 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.72 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.53 
 
 		 315 aa  368  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.39 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.24 
 
 		 312 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.24 
 
 		 312 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.24 
 
 		 307 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.24 
 
 		 307 aa  362  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  56.9 
 
 		 312 aa  358  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  54.13 
 
 		 311 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  49.2 
 
 		 312 aa  313  2.9999999999999996e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.3 
 
 		 309 aa  283  4.0000000000000003e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  43.09 
 
 		 312 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  41.22 
 
 		 315 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02610  transcriptional regulator  79.51 
 
 		 123 aa  212  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02611  transcriptional regulator  58.55 
 
 		 155 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 287 aa  169  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.45 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 315 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 293 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 292 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  30.56 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 343 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.85 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.19 
 
 		 312 aa  156  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.72 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.77 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 311 aa  153  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.3 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  30.33 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.85 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  31.44 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  30.1 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>